Microarray Core Facility
A Semmelweis Egyetem Genetika, Sejt- és Immunbiológiai Intézetében (1089 Budapest, Nagyvárad tér 4. VI. em.) kialakított Microarray Core Facility a Semmelweis Egyetem kutatócsoportjai, illetve külső non-profit és profitorientált kutatóhelyek részére kívánja biztosítani a microarray mérési szolgáltatást, csúcstechnológiai berendezései és szakképzett munkatársai segítségével.
A laboratórium kialakítása, felszerelése saját erőforrások, GVOP pályázati támogatás és a Kromat Kft. beruházásának keretén belül valósult meg.
Jelenleg az egy-, illetve kétszínű expressziós microarray, miRNS és a CGH (Comparative Genome Hybridization) mérésekben vállalunk teljes körű szolgáltatást (full service). Ez a szolgáltatás magában foglalja az RNS, DNS minőségi vizsgálatától kezdve az adatnormalizálásig valamennyi lépés reagens költségeit, rezsidíját és munkadíját. A microarray lemezek költségeit azonban nem. Egyéb alkalmazások (ChIP-on-Chip) esetén az ún. központi részt tudjuk vállalni, mely a hibridizációtól kezdődik és az adatnormalizálásig tart. Expressziós mérések előtt a felhasználók néhány izolált RNS-mintájának minőségét ingyen megvizsgáljuk, hogy a végleges minták elkészítése előtt biztosak lehessünk a használt RNS izolálási technika alkalmazhatóságáról.
Mivel sokféle microarray formátum létezik, ezért a microarray lemezeket a felhasználók rendelik meg.
Felhívjuk figyelmüket, hogy a microarray adatok bioinformatikai elemzése nem része a teljes körű szolgáltatásnak. Az eredmények kiértékelését egyedi megállapodás alapján, a laboratórium szabad kapacitásának terhére tudjuk vállalni.
Expressziós microarray esetén a laboratóriumban alkalmazott Agilent technológia egyszínű, illetve kétszínű mérést is lehetővé tesz. Minthogy a mérés költségei nagyban függnek a technológiától és a kísérleti felállástól, pontos árajánlatot csak a részletek ismeretében tudunk adni, a weboldalunkon található árak kizárólag tájékoztató jellegűek. Kérjük, további információért keresse a laboratórium munkatársait.
Kérjük, nézze meg az alábbi dokumentumokat:
· Agilent technológia ismertető
· Comparative genome hybridization link CGH menüpontra
· Az egyszínű expressziós microarray és miRNS mérés szolgáltatás tájékoztató jellegű árai
Ajánljuk az alábbi weboldalakat:
Agilent Technologies
Kromat Kft
A laboratórium a következő szolgáltatásokat biztosítja:
1. Előkészítő műveletek: kísérlettervezési konzultáció (minták, kontrollok, dual vs. single color, stb.)-nukleinsav izolálási tanácsadás
2. Expressziós Core Facility műveletek (árlista alapján):
2.1. RNS integritás és tisztaság minőségellenőrzése
2.2 Expressziós microarray vizsgálat: lineáris amplifikáció + jelölés + hibridizáció + leolvasás
2.3. Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása
3. miRNS microarray:
3.1. RNS integritás és tisztaság minőségellenőrzése
3.2 Microarray vizsgálat: amplifikáció + jelölés + hibridizáció + leolvasás
3.3. Képpontelemzés (Feature Extraction Software): a mérési adatok normalizálása
4. Comparative Genom Hybridization: teljes körű szolgáltatás, a minták minőségellenőrzésétől az adatok előnormalizálásáig (lásd CGH menüpont)
5. Egyéb microarray alkalmazások: ChIP-on-Chip, -csak a központi részt vállaljuk
6. A mérési eredmények bioinformatikai elemzése a felhasználó feladata. A core facility bioinformatikai szolgáltatása GeneSpring szoftverrel egyedi megállapodás alapján, a core facility szabad kapacitása terhére lehetséges.
Fontosabb műszerek:
-Agilent 2100 Bioanalyzer (RNS, DNS, fehérje mikrokapilláris elektroforézis rendszer)
-Agilent hibridizációs kályha
-Agilent Microarray Scanner + Feature Extraction Software (48 lemezes, walk-away, nyitott rendszer, Agilent és egyéb, megfelelő minőségű standard lemezek leolvasására)
-GeneSpring GX software (Agilent/Silicon Genetics)
A Semmelweis Microarray Core Facility rendszerén beállított és jövőbeni alkalmazások:
-Dual Colour Expression Array
-Mono Colour Expression Array,
-CGH (lásd CGH menü)
-miRNA Array
-ChIP-on-Chip array (Chromatin Immune Precipitation)
-metilációs array (lásd CGH menü)
-splice variáns array
Semmelweis Egyetem Microarray Core Facility elérhetőségek
| Név | Beosztás | Telefon | |
| Prof. Falus András | intézet igazgató | +36-1-2102929 | |
| Dr. Éder Katalin | laboratórium vezető | +36-1-2102930/56243 | ederkati@gmail.com |
| Dr. Tamási Viola | CGH szakmai vezető | +36-1-2102930/56283 | vtamasi@mac.com |
| Pálóczi Krisztina | szakasszisztens | +36-1-2102930/56243 /56429 |